高登十一岁丧父，母亲勉力供其求学。他读书勤奋，为潜心钻研《易经》，深居梁山，结庐白石庵。二十岁时，他入太学，与太学生陈东、张元千、徐揆等结为至交。
公元1125年(宣和七年)，金兵进犯京师，高登与陈东等联名上书，请诛蔡京、王黼、童贯、梁师成、李彦、朱勔等人，此事得到朝中不少大臣响应。
公元1126年(靖康元年)，李邦彦、张邦昌等大臣，主张全部接受金兵提出的议和条件，尚书右丞兼东京留守李纲极力反对，积极赞成姚平仲夜劫金营的建议。不料劫营风声走漏，姚军反为金兵击败。事后，李纲被罢黜。二月四日，高登与陈东在宣德门上书，请求罢去李邦彦太宰职，再用李纲，城外军事交给种师道。京城军民听说太学生上书，主动赶来声援，一时数万人汇集于宣德门，打死宦官数十人，开封府尹王时雍急忙调遣数万骑兵，准备捕太学生入狱，欲行镇压。高登与陈东等十位太学生屹立人前不动。钦宗怕出事，迫不得已宣布再用李纲。
之后，吴敏、张邦昌继李邦彦任相，吴敏极力开脱李邦彦的罪责，力图再用李邦彦。高登愤然上书，指出李邦彦罪大恶极，不可再用，如若听从吴敏所请，“天下之人将以陛下为不明之君，人心自此离矣。”翌日，他又再次上书，请罢吴敏、张邦昌，逐王时雍。为此他接一连写了五本奏章，但都得不到答复，只好作南归的打算。不久，忽然听到意外的消息，朝中有旨，张邦昌、李邦彦都调离京城，出居远郡，赵野、李棁、王孝迪等小人也相继被罢斥。高登十分高兴，认为已是可以倾腹尽言的时候了，又振笔直书，提出吴敏、王时雍也应罢斥，黄琮、杨次山、祖秀实等人应重用。高登在奏章之中，力褒忠良，怒斥奸邪，以国家兴亡为念，提出强国、强兵、强民的良策，直谏皇帝昏庸的危险，力排和议，力主“内修政事，外攘夷狄”，但都未被采纳。
当金兵进逼京城之时，国子监六馆诸生都很恐惧，打算逃跑。高登慨然与林迈等请随驾，入隶于聂山军帐中。等到金兵退走后，居心叵测的吴敏却唆使学官虚构罪名，诬陷高登，使高登负冤被摒斥回乡。
公元1132年(绍兴二年)，高登虽人在家乡，仍念念不忘国事，振笔写了十条政见，上呈朝廷。那时，吕颐浩、秦桧任左右相，高登的政见，仍得不到采用，在廷对时，高登极意尽言，毫无隐讳，考官不满其正直忠谏，先任他为下州文学，后来又改任广西富川主簿，都是小官职。广西宪司董棻知道高登是不可多得的人材，派他负责桂林六郡司法工作兼贺州学官。高登到任，便切切实实地为当地学宫办了好事。本来，学宫有田地，有房屋，后来，太守变卖学田去买马。高登据理力争，要求退回学田。太守问：“卖马和培养人才，哪一项急要？”高登义正词严回答，学校是礼义之地，是培养人才的地方，当然比买马更重要。太守说：“你敢对抗上级长官！”高登毫不怯让地认为：“治理国家，就靠礼与法，两样都不要，哪还谈得上什么！”太守抗辩不过，只好退回学田。
任期满时，当地属官和百姓都恳求将高登留任，而无结果，就暗暗筹集五十万金，托郡守转赠高登。他们对太守说：“高君为官清廉，离去官职之后，恐怕清贫难度，请太守劝他接受我们的心意。”高登坚持不收。把这笔钱交由太守买书赠给学宫。为此，高登写了《辞馈金》一诗：“可取无取未伤廉，每念易污惟皓皓，不如买书惠泮宫，聊助贤侯采芹藻。”途经广东，广东转运使连南夫留他主持新会县的赈灾工作，他为民秉公办赈，使数以万计的灾民免饿死。当地的老百姓感戴万分，也纷纷请求让高登留任。
公元1138年(绍兴八年)，他奉命到政事堂接受审察。政事堂是议论和审查政务的处所。高登在这里写上了万言的奏疏和《时议》六篇——《蔽主》、《蠹国》、《害民》各二篇。他在《时议》序文中写道：“方今贤才未用，有蔽主者焉，二府多具位之臣，盈廷多罔上之议，作《蔽主》上下二篇。财用未足，有蠹国者焉，太仓给冗食之兵，良田膳游手之民，作《蠹国》上下二篇。兆庶未宁，有害民者焉，冗官起贪残之念，募役长戕贼之奸，作《害民》上下二篇。”高宗看后，觉得言之有理。不料秦桧看到了文中抨击自己的劣迹，怀恨在心，弃置《时议》不理。两个月后，高登被降为静江府古县县令。
在古县任职期间，高登秉公处事，疾恶如仇。古县有个大富豪，名叫秦琥，在乡里横行霸道，号称“秦大虫”。高登上任时，秦大虫有意迎合高登，倡议搬迁学馆。高登初以为他有改恶从善之意，给他补学官之缺，并逐渐诱导他重新做人，谁知秦琥并非真心从善。有一次，秦琥有所托付，欲通关节，高登辞却了。秦琥散布恶言中伤高登。恰好秦琥被人揭发挪用学钱之罪，高登当面申斥。秦琥非但毫无认罪之意，而且当场放肆咆哮。高登毫不容情地绳之以法，秦琥羞忿而死。
因权相秦桧的父亲曾经在古县当过县令，广西经略胡舜陟想为秦父建祠堂，高登拒绝道：“秦桧当宰相胡作非为，此祠不可建！”胡舜陟大怒，调别人来代理高登职务，高登也因母病请假离职。之后，胡舜陟便平平顺顺地建起了秦祠，还亲自写记。反过来，他又提秦琥事，诬陷高登专杀之罪。朝廷下诏捕捉高登入静江府狱。此时，高登母亲病死在船中，高登途中草草为母收埋，又急急乘船北上，上书请求辞官回乡赎罪。高宗觉得其情可悯，而秦桧却心狠手辣，欲置于死地而后快。这时，高登有个旧友，当了右侍郎，当面对高登说：“丞相(即秦桧)说过，只要你拜见拜见丞相，你终身就不愁什么了。否则，你老是上书也没有用。”高登凛然答道：“我只知有君父，不知有权臣。”之后，秦桧奏称：“按旧法规，没有辞官赎罪例，要维持原诏，关入静江府狱。高登早已看透了秦桧在朝舞权弄柄的险恶本质，当回家葬母料理丧事完毕便坦然登程入静江狱。
高登昭雪出狱后，在归途之中，广漕司郑鬲、赵不弃留他在归善县代理县令。那年秋季，高登为试院出考题，高登便摘经史要语命题，叫考生直言时弊，指摘闽、浙水灾的根源。曾任宰相被贬到潮州的赵鼎，见高登如此刚正耿直，不畏权贵，十分敬佩，并与他长谈终日。不料，此事被郡守李仲文驰报秦桧，秦桧震怒，连同前事加罪，取了特旨，把高登编管容州(除去名籍，贬到广西容州入军籍监管)。郑鬲、赵不弃也受株连降职候处。同时，还将这件事通报南方诸省，以为考官警戒。
高登在容州，平日种蔬菜，栽竹木，毫不介意，但一听到有关国家、朝廷的政事，即使是小小错失，也常常蹙额发愁；如若听到朝廷计策上的重大失误，甚至恸哭不止。
容州地方穷僻，一听到太学生出身的高登谪居在此，数百人拿着经书来拜他为师，听他讲课。高登也乐以忘忧，一见到有那么多人前来从师，十分高兴地悉心为他们讲学论道。
公元1159年(绍兴二十九年)，高登久病，病况日益沉重。当他自感身体难以康复时，曾作了一篇《埋铭》，内中写道：“耳聩目昏，颜凋发秃，有儿归葬，蟠山之麓。”八月十三日，高登病逝，享年五十六。著述《家论》、《忠辨》等篇，有《东溪集》数卷。
公元1169年(乾道五年)，当时任签书枢密院事的梁克家，在中书省刑房找出绍兴二十六年朝廷下给高登的赦书。公元1172年(乾道八年)，受任为右丞相的梁克家援引赦书上奏宋孝宗，请求撤销编管高登于容州的文书。公元1191年(绍熙二年)，当时任漳州知府的朱熹，又上书宋光宗(见宋熹《乞褒录高登状》)，重新提起为高登昭雪事，光宗下诏书，写道：“故容州编管人高登追复原官，仍赠承务郎。”同年，福建安抚使、福州知府赵汝愚批准建高东溪祠，朱熹撰写了《高东溪先生祠记》，祠建成之后，先后写了《谒高东溪祠文》、《又谒高东溪祠文》，还题写一副对联：“获鹿感鱼千秋称孝子，朋东仇桧万古识忠臣。”和两通横额：“忠孝两全”，“百世师表”。
人物性格
高登幼年失去父亲，致力学习，用法度来约束自己。绍兴二年，在朝廷上接受皇帝询问，完全按照自己的心意回答，知无不言，无有什么顾忌回避的，主管部门厌恶他的正直，就授予他富川主簿一职，接着又命他兼任贺州学事。州学过去有田舍，州里出台法令将其撤掉交由买马司经管，高登请求恢复过去的制度。太守说：“买马、养士哪一个更急迫？”高登说：“买马固然紧急，然而学校是礼义诞生的地方，一旦废弃，读书人与堂下卒有什么区别？”太守说：“你这是违抗长官！”高登说：“治理天下所依仗的标准，只有礼义与法度罢了，既然两者都可以抛弃，还说什么！”太守不能改变他的想法，最终听从了他。任期结束，士民乞求他留任没有如愿，就相约馈赠钱币五十万，不留姓名，告诉太守说：“高君贫困没有什么来养家，希望太守劝他全部接受。”高登想不接受它（或赠金），未被允许，又无法归还，（就）请求把钱放到学府里，（用来）买书以答谢百姓。
廉洁奉公
高登被授予静江府古县县令，经过湖州，湖州太守汪藻安置他在宾馆里。汪藻想留他一起修订《徽宗实录》，坚决推辞，有人说：“这可以作为升官的阶梯。”高登说：“只是我意下不想这样。”就出发了。广西驻军首领沈晦问高登如何治理县事，高登条列十余事告诉他。沈晦说：“这是古人的做法，今人奸诈，恐怕不可行。”回答说：“忠信可在蛮貊之地推行，说不能行，是诚心不到罢了。”豪民秦琥雄霸乡里，挟持官吏把柄，号“秦大虫”，邑大夫以下都被他屈服。高登到达，他颇有改变，高登也喜其变好，增补他担任学职。一日，琥有私人请求，高登拒绝了他，秦琥心生怨愤，企图通过诬陷来中伤高登。恰逢有人控告秦琥侵占州学钱财，高登喊秦琥来到，当面责备他，声气严厉，喝令他下去，告诉郡中及主管部门按法律处置他，秦琥气忿而死，全郡的人们都为此感到快意。
沉冤昭雪
驻军首领胡舜陟对高登说：“古县，是秦太师父亲过去治理过的地方，实际上太师就出生在这里，何不建祠祭祀他？”高登说：“秦桧做宰相不像样，祠不可立。”舜陟大怒，抓住秦琥一事，调荔浦丞康宁以代替高登，高登因母病离去。舜陟遂建起秦桧的祠堂并自己写了记，并且用专权杀人之罪来诬陷高登，朝廷下诏押送高登到静江府监狱。舜陟派遣健卒逮捕高登，恰逢高登母亲死在舟中，高登把她草草葬在水边，航海回朝廷上书，请求纳官赎罪。故交中有担任右司一职的人，对他说：“丞相说曾经在太学认识你，如果你能见一见他，终身的大事将不必忧虑，上书是徒劳的。”高登说：“我知有君父，不知有权臣。”不久中书衙门上奏说按照惯例没有纳官赎罪的，仍旧押送高登回静江监狱。高登归葬其母，事情结束后来到监狱，而舜陟先因事下狱死了，冤情最终昭雪。
晚年生活
高登被贬官闲居期间，教授学生来维持生计，对家事全不介意，只是听说朝廷所行事有小过失，就皱眉不乐，有大过失就随之恸哭，临死，所说的话都是天下大计。其治学把慎独作为根本，有《东溪集》刊行于世。
